В настоящее время ЧВВМУ обеспечивает полную военно-специальную подготовку офицеров и старшин по 7 специальностям. Обучение проводится в соответствии с федеральными государственными образовательными стандартами третьего поколения. Формирование у курсантов необходимых военно-профессиональных компетенций обеспечивается строгим соблюдением квалификационных требований к военно-профессиональной подготовке выпускников, утверждённых главнокомандующим ВМФ.

Подготовка проводится по программам как высшего, так и среднего профессионального образования.